Krátké zářijové dny, snižující se teploty a vlhko podporují houbové nebo bakteriální choroby na všech pěstovaných druzích ovoce a zeleniny.
Většinou se tyto choroby v menší míře rozvinuly během léta, ale teprve na počátku podzimu mají sílu rychle ukončit vegetaci napadených rostlin. V září zpravidla již není vhodný čas ošetřit rostliny chemickým postřikem. Zbývá jen sklízet a sklizeň chránit před napadením.
I nepatrné poškození původci bakteriálních nebo houbových chorob se může při skladování snadno rozšířit a způsobit úplné znehodnocení všech skladovaných produktů během několika týdnů. K tomu přispívá vyšší teplota a vysoká nebo naopak nízká vzdušná vlhkost v prostoru skladování. V moderní výstavbě nejen ve městech, ale i na vesnicích jsou však kvalitní sklepy již vzácností.
Při skladování zeleniny či brambor se osvědčilo nahradit tradiční písek hrubými pilinami z čerstvého dřeva jehličnanů, které vznikají například při řezání řetězovou pilou, či drobnými hoblinami. Dřevní drť z jehličnanů obsahuje látky potlačující rozvoj houbových a bakteriálních patogenů. V přiměřeně vlhkém prostředí umožňuje skladování dlouho do jara.
Vyplatí se také sledovat předpověď ranních mrazíků a rostliny proti nim chránit, protože i krátkodobý pokles teploty pod bod mrazu může některé teplomilné rostliny úplně zničit.
Na pozdních odrůdách květáku, zelí, kapusty, růžičková kapusty, kadeřávek se objevují na starších listech tmavé nekrotické skvrny, které se postupně šíří na celou rostlinu, někdy pronikají i do hlávek zelí či kapusty. Poškození způsobují plíseň brukvovitých (dříve plíseň zelná) a alternariová skvrnitost brukvovitých.
V případě, že je část rostliny pokryta nápadným šedým povlakem, poškození způsobila houba Botrytis cinerea (původce šedé hniloby brukvovitých; dříve plíseň šedá).
Nejnebezpečnější jsou však bílé vatovité povlaky mycelia, ve kterých se tvoří na povrchu i uvnitř černé, tvrdé až 1 cm velké útvary (sklerocia), které jsou typické pro bílou hnilobu brukvovitých. Tato choroba může během celé vegetace napadnout mnoho druhů zeleniny a dokáže několik let přežívat v půdě. Takto napadená zelenina se nesmí dávat na kompost, nejlépe pokud se likviduje mimo zahradu.
Popsané choroby se často v plné míře projeví až na uskladněných, houbami napadených rostlinách, které jsou bez výraznějších viditelných příznaků.
Znehodnocení i velkých brukvovitých rostlin, zejména kedluben, mohou způsobit i různé bakterie. Postižené části rostlin mokvají, slizovatí a silně nepříjemně zapáchají. Choroba často začíná v místě mechanického poškození např. žírem plžů.
Napadené rostliny nebo posklizňové zbytky se musí pečlivě odstranit ze záhonu, aby nedocházelo k šíření patogenů v následujícím roce.
Kořen mrkve může být poškozen zejména černou hnilobou mrkve. Kořen bývá infikován za vegetace, ale plný rozvoj choroby probíhá až při skladování – na kořenech se objevuje hniloba, pletiva na povrchu i v hloubce měknou a černají. Postupně dojde k úplnému zničení celé rostliny. Patogen napadá ve skládce také celer, pastinák a petržel. Ochranou je skladovat pouze zdravé, mechanicky nepoškozené kořeny.
Nať pozdnějších odrůd brambor bývá již v září silně poškozena plísní bramborovou. Nať je vhodné mechanicky zničit a odstranit z pozemku a vyorat hlízy s odstupem 2–3 týdnů. Tímto způsobem se zmírní riziko přenosu plísně na hlízy, které by ve skládce zahnívaly.
Rostliny rajčat jsou již většinou silně poškozeny plísní rajčatovou, okurky plísní dýňovitých (okurkovou) a na dýních, cuketách a patisonech se silně projevuje padlí dýňovitých. V tomto období již není žádná ochrana možná.
Vadnutí a odumírání celých rostlin paprik způsobuje bílá hniloba papriky. Na plodech paprik způsobuje velké vodnaté skvrny šedá hniloba papriky (plíseň šedá). Ochrana se již v tomto období nedělá, napadené plody se musí průběžně odstraňovat. Papriky je nutno sklidit před příchodem podzimních mrazíků, protože i krátkodobý pokles teploty pod nulu může plody zničit.
Jabloně a hrušně trpí za déletrvajícího vlhkého počasí strupovitostí. Tato nemoc se vyskytuje hlavně ve vyšších polohách s většími srážkami a v uzavřených vlhkých údolích. Více trpí stromy s přehoustlými korunami.